Drużyna rezerw Zawiszy Bydgoszcz powstała w 1951 roku. Wówczas druga i trzecia(!) drużyna brały udział w rozgrywkach ligowych o mistrzostwo miasta Bydgoszczy (klasa powiatowa). Pierwszym kapitanem Zawiszy II był Maciej Jezierski, a oprócz niego najczęściej w drugiej drużynie w 1951 roku występowali: bramkarze - Stanisław Wlaźlik, Biegański i Wylęgała, zawodnicy z pola - Stanisław Prokopowicz, Tadeusz Lachowicz, Krzoska, Roman Stachowiak, Rybarczyk, Stanisław Bigaj, Małkowski, Mieczysław Suskiewicz, Zbigniew Lewandowski, Malachit, Jan Pistula, Grabowski, Henryk Wilczek. Opiekę szkoleniową sprawowali Edmund Świątkowski i Czesław Brzechwa, którzy byli też trenerami pierwszej drużyny. Początkowo rezerwy grały pod nazwą OWKS, a potem - CWKS. W 1954 roku drużyna rezerw nie występowała w rozgrywkach ligowych.
W Bydgoszczy - styczeń 1957. Od prawej stoją żołnierze-piłkarze Zawiszy II: Jerzy Bilski, Zygmunt Bukowski, Zbigniew Stalmirski, Jan Tomaszewski, Ryszard Król i Czesław Drozdowski.
W sezonie sezonie 1992/1993 zespół został wycofany z rozgrywek z uwagi na problemy finansowe w klubie. Podobnie stało się w 1998 roku. Drużynę ponownie reaktywowano w 2008 roku, po dziesięcioletniej przerwie i rozpoczęła ona występy od klasy A. Pierwszym trenerem po reaktywacji był Marek Sperski.
Sukcesy Zawiszy II Bydgoszcz:
Mistrzostwo ligi okręgowej - 1989/1990, 1990/1991;
Mistrzostwo A klasy - 1957, 1958, 1996/1997, 2010/2011;
Mistrzostwo III ligi okręgowej i mistrzostwo Pomorza -1960;
Awans do ligi okręgowej - 1996/1997, 2010/2011;
Awans do IV ligi - 2011/2012;
Awans do III ligi okręgowej - 1962/1963;
Awans do III ligi centralnej (międzywojewódzkiej) - 1965/1966;
Awans do III ligi Pomorze - 1958, 1990/1991;
Zdobywca Pucharu Polski na szczeblu okręgu - 1956, 1963, 1973;
Finalista Pucharu Polski na szczeblu okręgu - 1970;
Puchar Polski na szczeblu centralnym - awans do III rundy - 1961/1962.
Stadion przy ul. Sielskiej 12 w Bydgoszczy - Fordonie, gdzie Zawisza II rozgrywa mecze ligowe.